温泉在自然流放的过程中会有微生物包括原生动物、藻类、真菌以及细菌的存在，温泉池也可能因为人类活动而导致致病性微生物的污染。世界卫生组织(WHO)所建议的浴池微生物监测项目包括粪便性大肠杆菌群、大肠杆菌以及绿脓杆菌。若粪便性大肠杆菌群与大肠杆菌的含量低于1 CFU/100ml，代表水质良好。

    由于国内大部分温泉业者都采连续换水以及提升浴池清洗频率的方式，来维护温泉用水清洁。但此一运作方式，一旦遇到游客人数过多，或是浴池之突发性粪便污染，消费者乃立即暴露在致病性微生物之高感染风险中。下表摘录台湾中正大学2005年台湾温冷矿泉研究报告的实验结果，显示出没有消毒的温泉池实际营运时细菌存在的情况：

    温泉的致病性微生物来源除了粪便之外，也有可能来自于人体的唾液、伤口和黏膜组织。例如感冒、生病或受伤的泡汤客，他的伤口或黏膜组织就有可能释出病原直接污染温泉池水，若有人直接接触这些存在致病性微生物的温泉就有可能造成感染。另外有部分的细菌或原生动物能在温泉水体中滋生，也会由接触者的呼吸道或真皮组织进入人体，引起疾病。例如温泉温暖、潮湿、富营养源的环境就很适合军团菌、绿脓杆菌以及阿米巴原虫的滋生。这类微生物常常侵犯原来即有其他疾病或免疫系统较差的人。

    此外，根据台湾高雄师范大学环境教育研究所的研究报告－台湾地区消费者对退伍军人菌（军团菌）觉知与温泉消费行为之研究的结论摘录指出：

●大多数的消费者认为泡温泉对健康是有益的。

●女性消费者认为泡温泉具有减肥的功能。

●大多数的消费者不能接受含有细菌的温泉。

●消费者一但发现温泉内含有细菌时将不再前往消费。

●消费者最不能接受温泉加氯消毒。

●研究的样本中有21％的温泉含有退伍军人菌。

    参照以日本而言，2002年日本爆发大规模的军团症感染，共有166个病历全是因为泡温泉所引起，经过追踪发现，感染源是一般消费者认为具有养生疗效的温泉水。于是日本政府开始展开大规模的调查，确定了一成七以上的温泉中有军团菌的存在，日本政府也因此根据世界卫生组织(WHO)的建议，明文在温泉水质标准中加入军团菌的检验项目，也因此将温泉浴池场所列为日本国内防制军团症的重点对象。

    通常对温泉业者而言，在温泉水源充沛的条件下，会误以为大量补进新鲜的温泉水或换水清洗就能避免细菌滋生，却没有考虑到原汤、原水、泡汤客与空气落尘所带来的细菌污染和增生。而缺乏温泉水源的业者，则往往会因为泉水不足，采取回圈过滤加热的方式，却没有考虑到加温会引起管道中形成生物膜，造成细菌增生。

    一般而言如果发现有细菌存在的温泉，就必须加氯消毒（请参阅拙着－日本温泉的杀菌方式），以保障消费者的安全，但是由于国人对温泉的消费习性与硬体建构深受日本泡汤养生文化的影响，向往天然温泉观念根深蒂固，深怕消毒杀菌剂的使用，会破坏温泉的独特性质，使得温泉水质的公共卫生维持不易。

    自从日本温泉爆发退伍军人症之后，整体泡汤养生文化传统受到空前的冲击；为此，日本环境省局与日本中央温泉研究所积极投入对温泉水质的消毒杀菌研究，在世界卫生组织(WHO)消毒杀菌剂的分类架构下，积极推广不损坏温泉特质的杀菌方法，其中更是着重在非氧化型，不会损坏温泉特性的第五类消毒杀菌剂；也由于日本对温泉的消费习性仍保有传统的泡汤养生文化，对氯制剂等氧化性消毒杀菌剂具有莫大的恐惧和排斥，因此也间接掀起了日本对非氧化型消毒杀菌剂--阳离子杀菌剂的研究再度兴起。经过我们在台湾现场实地长达二十六个月的验正，属于新型阳离子杀菌剂的SPAdo，已经成功的解决了传统阳离子杀菌剂为人所垢病的起泡、抗药、变色、长藻和细菌膜增生问题，新型阳离子杀菌剂SPAdo已完全可以解决大肠菌、军团菌、绿脓杆菌、生物膜和起泡与长藻等问题，对温泉中丰富的矿物质也不存在着色的困扰；用新型阳离子杀菌剂SPAdo直接投入温泉中，是日本目前最热门的温泉水质杀菌药剂。